Aus der älteren Geschichte Oberndorfs ist nicht viel bekannt. Es ist erstmals 1365 erwähnt, als es von Graf Boppo von Eberstein an den Erzbischof von Mainz verkauft wurde. 1802 kam Oberndorf zum Fürstentum Krautheim und fünf Jahre später, 1807, wurde es dem neu geschaffenen Bezirksamt Boxberg zugeteilt.

Bis zur Eingemeindung nach Krautheim im Jahr 1972 war Oberndorf eine selbständige Gemeinde. Schule und Rathaus wurden 1907 erbaut Bis zur Schulreform 1967 existierte eine einzügige Volksschule. Von Anfang des 20. Jahrhunderts bis 1951 war Oberndorf eine selbständige Kirchengemeinde mit einem eigenen Pfarrer. Seit dieser Zeit erfolgt die Betreuung durch die Pfarrei in Krautheim.

Die größten Baumaßnahmen seit der Eingemeindung nach Krautheim waren der Anschluss an die öffentliche Abwasserversorgung sowie die Erneuerung der Ortsdurchfahrt.